Las misiones jesuíticas fueron fundadas por los jesuitas (la Compañía de Jesús) en el nuevo continente. Una de las metas de los jesuitas desde el principio fue la evangelización del nuevo continente. Desde su llegada se instalaron en las proximidades de los ríos y mantuvieron el contacto con las tribus indígenas. Allí tuvieron que aprender el idioma indígena y traducir numerosos textos bíblicos. Además se dedicaron a la exploración de la fauna, la flora y la geografía de estos lugares que todavía no habían sido colonizados por los países europeos.
Las misiones en sí se situaron en el territorio español del nuevo continente con la autorización del gobierno que pretendía tener controlado un territorio y civilizar a los indígenas bajo la autoridad española. Se dividieron en Misiones Orientales (situadas entre Uruguay y Brasil) y Misiones Occidentales (situadas cerca de Paraguay). En ellas los habitantes eran en su mayoría indígenas con unos pocos jesuitas al mando de la misión. La primera misión surgió en 1624, la misión de Santo Domingo de Soriano formada por indios chanás.
Se formaron más misiones o reducciones en otros sitios. Se calcula que los habitantes que poblaron estas misiones a la vez fue de 30.000 habitantes. En las reducciones se aplicaba una organización similar a la de las ciudades españolas de la época. Había un jefe superior, alcaldes y regidores que integraban el cabildo. Todos ellos eran indios nativos de la zona aunque el control final de las misiones lo tenían los sacerdotes asignados a la misión.
Los indios nativos eran primitivos, practicaban el canibalismo y la poligamia y estaban controlados por caciques de tipo guerrero y chamanes. Los jesuitas se introdujeron en su sociedad y la fueron adaptando poco a poco. Realmente cuando el cacique de la tribu se convertía el resto de la tribu se convertían. Las ciudades se estructuraron en tiras o habitaciones donde podía vivir un matrimonio monógamo. Se conservó su idioma original y se modernizó la economía con una basada en agricultura y ganadería en la que la mayor parte de los beneficios iba para los indígenas. Sin embargo en 1750 se firmó el Tratado de Madrid que cedía los territorios que contenían las misiones a Portugal. Se comunicó la intención por parte de Portugal de desmantelar las misiones y la reacción de los caciques fue negativa. Así pues, tuvo lugar la guerra guaranítica entre 1754 y 1756 en la que lucharon los indígenas contra España y Portugal. Finalmente las misiones fueron abandonadas y muchos jesuitas fueron llevados a España para cumplir pena de prisión.